W ramach PFPŻ ZP działają  komisje i grupy robocze zajmujące się najbardziej istotnymi dla polskiego przemysłu spożywczego tematami oraz wspomagające pracę Zarządu i biura Związku.

W pracach komisji biorą udział specjaliści z firm członkowskich, tworząc w ten sposób kompetentne i wiarygodne ciała opiniotwórcze i opiniodawcze. Ich zawodowe doświadczenie i wiedza oraz możliwość wymiany poglądów z ekspertami z innych firm członkowskich są gwarantem, że wypracowywane w ramach pracy komisji opinie, uwagi i stanowiska, są merytorycznie uzasadnione i wiarygodne.