Z tego względu Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego Państwowy Zakład Higieny w swoim stanowisku w sprawie jakości wody wskazał, że każda  „woda butelkowana (…) jest jakości nie tylko bezpiecznej, ale też bardziej korzystnej dla zdrowia”. Woda butelkowana (mineralna, źródlana i stołowa) w odróżnieniu od kranowej  zawsze – pochodzi z zasobów podziemnych i  jest pierwotnie czysta pod względem chemicznym i mikrobiologicznym, a więc nie zawiera zanieczyszczeń, które są skutkiem działań człowieka. Dzięki temu nie wymaga i wręcz nie może być poddana uzdatnianiu czy dezynfekcji (chlorowanie, ozonowanie itp.). Nie zawiera zatem substancji pozostałych po tych procesach, np. wolnego chloru i jego pochodnych. Nawet jeśli woda kranowa jest czerpana z ujęć podziemnych, to ze względu na konieczność jej zabezpieczenia przed wtórnym skażeniem w sieci wodociągowej, musi być poddana procesom uzdatniania. Jest to bardzo istotna, choć nie jedyna różnica pomiędzy każdą wodą w butelce a wodą kranową.

Woda butelkowana  jest rozlewana w bliskim sąsiedztwie rozlewni,  co minimalizuje zmiany w jej składzie chemicznym, również te spowodowane długotrwałym kontaktem z instalacją. Woda wodociągowa prowadzona jest na dalekie odległości od miejsca jej przygotowania (uzdatniania) rurociągami różnego rodzaju i zalega w tych urządzeniach, również w obrębie budynków mieszkalnych.

Ponadto, wymogi stawiane wodzie butelkowanej są bardziej restrykcyjne niż dla wody kranowej. Dla wody kranowej dopuszczalne limity na obecność substancji potencjalnie niekorzystnych takich jak miedź, kadm, bar czy azotyny są wyższe niż dla wody butelkowanej. Obecność niektórych substancji w wodzie butelkowanej jest niedopuszczalna i dyskwalifikuje wodę do butelkowania (dotyczy to pestycydów, detergentów, chlorku winylu, akryloamidu, trichlorometanów, bromianów czy wielopierścieniowych węglowodorów aromatycznych), natomiast mogą znajdować się one w ramach limitów w wodzie wodociągowej.